OPTIMASI SUHU ANNEALING GEN VITAMIN D RECEPTOR (VDR) PADA DIABETES MELITUS TIPE 2 DENGAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (REAL-TIME PCR)

Abstract

Amplifikasi dengan Real-Time PCR, perlu dioptimasi untuk memastikan bahwa parameter-parameter metode dapat memberikan hasil yang optimal. Salah satu parameter yang dapat dioptimasi adalah primer dan suhu  annealing. Desain primer dapat mempengaruhi keberhasilan amplifikasi serta membantu menentukan suhu annealing yang optimal. Suhu annealing berperan dalam penempelan primer dengan cetakan DNA. Jika suhu terlalu tinggi akan menyebabkan gagalnya penempelan primer. Sebaliknya jika terlalu rendah akan memperbesar resiko penempelan primer yang non-spesifik (misspriming). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui suhu annealing gen VDR metode Real- Time PCR yang optimal.

Penelitian ini menggunakan metode Systematic Literature Review (SLR) dan analisis bioinformatika. Empat literatur dari database elektronik Google scholar yang berhubungan dengan penelitian tentang optimasi suhu annealing gen VDR dengan metode Real-Time PCR, serta data dari perangkat lunak NCBI dan Oligoanalyzer dianalisis secara deskriptif. Hasil literature review diperoleh rentang suhu annealing adalah 65 - 66°C, sedangkan suhu annealing hasil analisis bioinformatika primer forward 5’-CCAAGATGATCCAGAAGCTAGCCGACCTG-3’ dan primer reverse 5’-CACTTCGAGCACAAGGGGCGTTAGC-3’ adalah 63°C diperoleh dari nilai Tm -5°C, sehingga dapat diperkirakan suhu annealing optimal adalah 63 - 66°C.Disarankan sebelum mengamplifikasi gen VDR pada penderita DM tipe 2 hendaknya melakukan optimasi kondisi Real-Time PCR terlebih dahulu dengan pengulangan minimal 3x.